Ernst Middendorp war vor seiner Karriere im Fußball Berufsschullehrer für die Fächer Ökologie, Politik und Informatik. Seine Trainerlaufbahn begann 1987 beim Oberliga Nord Verein Eintracht Nordhorn. Danach ging es zur Armina Bielefeld, die er in einer sehr schwierigen Phase übernahm. Weitere Stationen folgten, bis er dann zur Saison 1994/1995 nach Südwestfalen zurückkehrte und mit ihnen in die zweite Liga zurückkehrte.
In den 2000er Jahren war Ernst Middendorp sehr viel im Ausland tätig und trainierte u.a. Vereine in Ghana, Aserbaidschan und Südafrika. Aktuell ist er Trainer des südafrikanischen Clubs Kaizer Chiefs.